A maioria das homologias anatômicas óbvias é entre estruturas anatômicas que estão em uso ativo pela espécie em questão, mas algumas homologias anatômicas envolvem estruturas que não são mais necessárias, mas que também não desapareceram completamente. Um órgão ou estrutura vestigial é um órgão ou estrutura encontrado em uma espécie que não está sendo usada como em outras espécies. Ao contrário da crença popular, órgãos vestigiais e estruturas vestigiais não são necessariamente inúteis ou sem função.
Vestigial não significa inútil ou não funcional porque é difícil, se não impossível, provar que qualquer estrutura particular é sem função. É possível que algum órgão vestigial não funcione, mas cientistas e biólogos não assumem de maneira tão dogmática. Tudo o que é necessário para um órgão ou estrutura ser rotulado como "vestigial" é haver homologias em outras espécies onde o uso ou a função é clara, mas esse mesmo uso ou função não é o caso da espécie em questão. O uso pode ser estranho ou pode simplesmente não ser identificado ainda.
Uma baleia de osso pélvico
Um exemplo de tal estrutura é a pélvis das baleias. Todos os tetrápodes (incluindo as baleias) têm ossos pélvicos. Na maioria dos animais, os ossos pélvicos são necessários para movimentar o conjunto inferior ou traseiro dos membros para fins de locomoção. Em algumas espécies, como as baleias, esses membros não existem na maior parte do tempo - embora vestígios deles possam permanecer.
Apesar desta falta de qualquer necessidade para eles, as baleias ainda têm ossos pélvicos. Eles são muito pequenos em comparação com os seus homólogos em outros animais, mas eles existem. Talvez eles sirvam alguma função, como ajudar a suportar a anatomia reprodutiva da baleia, mas existem muitos tipos diferentes de estruturas que seriam mais adequadas para tal tarefa.
A questão é: por que uma baleia, que não tem membros inferiores e não precisa de ossos pélvicos para se mover, tem ossos pélvicos que são homólogos a criaturas que precisam de ossos pélvicos para se mover? Homologias semelhantes existem para cobras e lagartos sem pernas. Mais uma vez, a única explicação que faz sentido é se essas criaturas evoluíram de um ancestral comum junto com todos os outros tetrápodes.
Apêndice Humano
Outro exemplo comum (e freqüentemente incompreendido) é o apêndice. Nos humanos, o apêndice tem pouca função aparente, embora agora pareça que ele possa armazenar algumas células imunológicas. No entanto, o órgão análogo em muitas outras espécies tem uma função óbvia. Além disso, o apêndice humano pode ser positivamente desvantajoso no sentido de que está sujeito a infecções desagradáveis que podem ser fatais.
O apêndice é um órgão vestigial porque não serve a uma função como os órgãos homólogos de outros animais, mesmo que possa servir a uma função em humanos. Então, a questão se torna, por que os humanos têm um apêndice? (Ou por que o apêndice humano não funciona como o órgão homólogo em outros animais?) A evolução, a idéia de que todos temos ancestrais comuns, fornece uma resposta significativa. O criacionismo não.
